有使用出生医学证明、进行亲子鉴定、到村或居委开具证明、到派出所开具证明等方法。

使用出生医学证明

出生医学证明上一般填有父母、子女的姓名、年龄、性别等，且出生医学证明是医院在子女出生时发给，证明力较强。

进行亲子鉴定

亲子鉴定是通过遗传学的方法，对父母与子女之间的生物学关系进行科学鉴定。亲子鉴定的结论具有法律效力，是证明父子关系的最直接、最权威的证据。

到村或居委开具证明

可以到户口原籍地的村委、居委等部门，由其出具证明。

到派出所开具证明

可以前往所在地的公安局的户籍科申请查询并出具亲属关系证明4。需要带上当事人的身份证明原件及复印件、亲属关系证明原件及复印件等材料到公证处，填写一份亲属关系公证申请表。然后由公证员根据当事人的陈述，结合亲属关系证明材料进行调查。公证员会询问当事人是否携带了其他相关材料，比如房产证、结婚证、孩子的出生证等。公证员在审核材料合格之后，会出具亲属关系公证书。

以上就是户口不在一起证明父子关系的方法。需要注意的是，不同地区可能有不同的规定和流程，因此在实际操作中，建议提前咨询当地相关部门了解具体要求。